Cuando llegaron los misioneros jesuitas en 1967, Bahía Magdalena ya era muy conocida por navegantes y exploradores, inclusive se pretendía construir un puerto donde arribaran galeones de Filipinas. En toda la segunda mitad del siglo XVIII y parte del XIX la bahía fue visitada por traficantes de distintas nacionalidades que intercambiaban telas y baratijas por pieles, frutas, perlas y miel que les proporcionaban los nativos.
Bahía Magdalena era visitada también por barcos que iban en busca de ballenas para extraer su aceite. Las cazas y el contrabando hubieran seguido su curso si no fuera por los movimientos políticos que hubo en 1846 y 1847 con Estados Unidos por la Guerra de Reforma e Intervención Francesa, que propició el olvido de la zona.
Tras el triunfo de la República, la muerte de Benito Juárez y el gobierno de Porfirio Díaz, volvió a renacer el interés de Estados Unidos por esta región de Baja California. Sobre esta base, en 1883 el país vecino del norte intentó establecerse en la bahía e inició gestiones necesarias para llevar una estación carbonífera para uso de sus buques de guerra, pero la petición fue denegada por el gobierno mexicano. Esta decisión no impidió que la flota extranjera realizara prácticas navales en la bahía.
Años después, en 1907, el gobierno estadounidense reiteró nuevamente la petición, esta vez fue aprobada por un lapso de tres años. A raíz de esta decisión muchos mexicanos creyeron que se había vendido Bahía Magdalena a los estadounidenses.
Al término de la concesión y después de varias reuniones, Estados Unidos accedió a retirarse y cancelar las prácticas de tiro en esta zona. Sin embargo y por coincidencia llegaron a puertos mexicanos dos barcos de guerra japonesa para sumarse a los festejos del centenario de la Independencia de México, provocando la molestia de Estados Unidos al interpretar esta acción como si el gobierno mexicano hubiera pactado con Japón para que ocuparan Bahía Magdalena.
El malentendido fue tan grande que México se vio obligado a rechazar tales acusaciones, “México no permitirá jamás la ocupación de la Magdalena, ni por japoneses ni por ninguna potencia extranjera, incluyendo a los Estados Unidos”.
En la superficie de la ambicionada bahía se construyó una base naval, una pista de aterrizaje y una estación meteorológica donde iniciaron a vivir marinos, pescadores y sus familias a fin de protegerla con el poblamiento de sus costas.