Esta pequeña Isla de tan sólo 2.6 kilómetros cuadrados de superficie y dos kilómetros de largo por uno de ancho, se encuentra ubicada a diez kilómetros de la Bahía de San Nicolás del municipio de Mulegé.
Se trata de una gran meseta flotante, que tiene una altura de no más de 116 metros sobre el nivel del mar. Dentro de sus riquezas naturales cuenta con un gran arrecife de 400 metros.
El nombre de esta isla viene de Francisco de Ortega, quien en 1636 la bautizó en honor a un obispo español. Dentro de sus bitácoras se encuentran notas sobre un tamaño mucho más grande del actual y supuestos indígenas que la habitaban. Hoy en día se piensa que esos errores se deben a la falta de la traducción, o bien, ala falta de exploración en esa época.
Dentro de su fauna, una especie particular de cangrejo llamado “cangrejo roca” abunda en sus costas, y se alimenta con las algas que se acumulan encima de los corales.
En la zona montañosa y en los pequeños acantilados, se puede encontrar una especie de higos silvestres que crecen enraizados a las paredes. Anteriormente, las fragatas gustaban de reposar en estas plantas, pero las condiciones ambientales ya no son propicias para la realización de sus nidos. Otras especies de aves que hicieron su casa en San Ildefonso son los pelícanos pardos, los bobos cafés de patas azules y los pequeñines saltaparedes. La Isla de San Ildefonso funciona como un excelente banco de descanso de las aves migratorias que viajan desde Alaska hasta La Patagonia.
