El Museo de las Misiones de Baja California está localizado a un costado de la Misión de Nuestra Señora de Loreto construida en el siglo XVIII por la orden religiosa de los Jesuitas.
Cuenta con seis salas de exposición permanente en las cuales se exhibe una colección de arte religioso, armas y herramientas que datan de los siglos XVII y XVIII las cuales fueron utilizadas en las misiones españolas de Baja California.